苦战一番之后发现我爱罗已经被抽走尾兽失去性命，千代婆婆使用转生忍术以自己的生命为代价，复活了五代风影我爱罗！
后来，卡卡西在战斗中使用万花筒写轮眼“神威”过度去躺了，纲手商量安排了新的成员，包括队长大和，和来自团藏领导的“根”之暗部的佐井，新的小队以小樱得到的蝎临死前的情报，要去找大蛇丸碰面，希望能借此找到佐助。布置排练过后，正式会面，还是被拆穿了，因为蝎给兜施加的术早就被大蛇丸解除了，于是只能开战了，大蛇丸跟暴怒变成四尾九尾外衣形态的鸣人对战几个回合后离开了。给鸣人治疗后，小队继续追踪，找到佐助以后发现他留在大蛇丸处的立场更加坚决了
并且四人联手也打不过佐助······然后就灰溜溜地回到了木叶。
因为实力的差距，鸣人急需变强，于是找卡卡西想办法，他联合大和队长和阿斯玛一起学习查克拉的属性变化，试着加在螺旋丸上，实际上螺旋丸已经是查克拉的形态变化，再加上属性变化威力会非常强大。
在修炼的过程中，晓的另外一个小队，角都和飞段入侵，并且在飞段诡异的自残禁术下，阿斯玛牺牲了。后来鹿丸根据阿斯玛生前给出的线索制定了战术打败了飞段。
而角都也在鹿丸小队和卡卡西以及鸣人的新必杀忍术下战败。
佐助看到了机会，趁机把在转生忍术极限虚弱状态下的大蛇丸打败，出逃
并且找到了大蛇丸过去的手下，香菱、水月和重吾组成蛇小队开展他的复仇任务
在这之前遇到了迪达拉和拿走蝎戒指的阿飞，经过一番苦战，佐助打败了迪达拉···
自来也为了获取晓的情报潜入了雨忍村，与此同时鸣人和几位老同学们组队搜索打败迪达拉的佐助。
自来也遇到了年轻时在雨忍村收的三个徒弟，小南和弥彦，但是看到弥彦带有第三位徒弟长门
独有的轮回眼，并且看到长门以弥彦的样子和轮回眼自称佩恩（pain）
后来自来也的仙人模式也不敌佩恩六道（六个人），在临死前把重要的信息交给一同战斗的蛤蟆
神作仙人打算带回木叶，另外鸣人遇到了鼬，鼬把带有写轮眼的乌鸦交给鸣人后消失
鸣人一行人遇到了阿飞，但是失去了佐助的线索
佐助找到了鼬并且好不容易快要打败病弱的鼬，佐助身体里的大蛇丸在咒印的力量
下重新现身，但是被鼬的写轮眼禁术须佐能乎的十拳剑封印，自此佐助的咒印被封印消失。
鼬也因为身体病重加上自己战意薄弱的原因败给了佐助，佐助的复仇计划只剩下了复兴宇智波一项。
因为兄弟对战力量耗尽的佐助被自称为宇智波斑（和初代火影对战的宿敌）的阿飞带走，并且被告知当年鼬灭族的真相，都是木叶的阴谋，佐助在半信半疑之中打算把复仇的对象换成木叶村！
鸣人在得知自来也的消息后意志消沉，在众人安慰下收拾心情决心要提升实力，来到了通灵兽蛤蟆仙人们居住的妙木山特训，学习仙术，这是比忍术更强的力量！
在修炼期间佩恩六道决定亲自去抓九尾，就在木叶村被六道毁坏得差不多的时候
鸣人特训归来，以几乎完美（比自来也要完整，几乎没有蛙化）的仙人模式登场，然而已经来晚了，卡卡西等众人（木叶主要的战斗力）已经在跟六道
